Alcuni storici fanno risalire l’origine del nome ad Aquilia, dall’aquila che era l’insegna delle legioni romane che attraversavano la Via Iulia Augusta sovrastante Laigueglia. Le prime testimonianze scritte sulla vita del paese risalgono al XII secolo, quando entrò a far parte della repubblica Genovese. Il borgo marinaro – abitato per lo più da pescatori – giurò nel 1191 assoluta fedeltà alla Repubblica di Genova, entrando a far parte dei territori genovesi ed eleggendo un podestà locale.
Tra il XII ed il XIII secolo subì una forte immigrazione di abitanti catalani, che vennero a pescare il corallo nei pressi di Capo Mele e si stabilirono in paese con le loro famiglie, dando origine ad alcuni dei più vecchi ceppi tuttora esistenti.
